Разрыв по НДС из-за авансового счета-фактуры: когда ошибка контрагента становится вашей проблемой

Бухгалтер увидел в выписке сервиса оценки юрлиц разрыв по НДС. Сначала кажется: ну разрыв и разрыв, пусть налоговая скажет, по какому контрагенту. Но дальше выясняется неприятная деталь: вычет заявлен по авансовому счету-фактуре, которого в оригинале у компании нет. Контрагент номера прислал, пообещал отправить документы по ЭДО — и не отправил. А в своей книге продаж этот счет-фактуру не отразил.

И вот уже вопрос не теоретический: что делать с декларациями, НДС и ЕНС?

Что произошло

Компания во 2 квартале 2025 года приняла к вычету НДС с аванса. Основание — авансовые счета-фактуры от поставщика.

Но проблема в том, что:

— оригиналов счетов-фактур нет;
— по ЭДО документы не пришли;
— контрагент в книге продаж эти счета-фактуры не показал;
— в сервисах появился разрыв по НДС;
— заставить контрагента подать уточненку фактически невозможно.

Ситуация типичная: крупный официальный дистрибьютор, покупатель меньше, давление на поставщика не работает.

Кажется, решение простое: убрать вычет

Логика бухгалтера понятная: подать уточненку за 2 квартал, убрать авансовые счета-фактуры из книги покупок, а в 3 квартале убрать восстановление НДС из книги продаж. То есть фактически аннулировать всю операцию по НДС.

Но здесь есть ловушка.

Главная проблема — не только НДС, а ЕНС

Если во 2 квартале убрать вычет, налог к уплате увеличится. Это доначисление налоговая увидит сразу, и на ЕНС появится обязанность.

А вот уменьшение НДС за 3 квартал из-за уточненки налоговая признает не сразу. Возврат или зачет на ЕНС появится только после завершения камеральной проверки уточненной декларации.

В результате может возникнуть временный кассовый разрыв:

во 2 квартале налог увеличили сразу,
а уменьшение за 3 квартал придет позже.

Если денег на ЕНС не хватает, появится отрицательное сальдо. Дальше возможны требования об уплате, а при плохом сценарии — взыскание через банк. Успеет налоговая выставить инкассо до окончания камеральной проверки или нет — вопрос удачи, а не бухгалтерской техники.

Что безопаснее сделать

Практически безопасный вариант — сначала доплатить НДС за 2 квартал и пени. Потом, когда уточненка за 3 квартал пройдет камеральную проверку, сумма уменьшения вернется на ЕНС.

Да, это неприятно: деньги временно замораживаются. Но это снижает риск требований, отрицательного сальдо и принудительного взыскания.

Вывод для бухгалтера

Главный урок здесь не в том, что контрагент «плохой» или «не сдал уточненку». Главный урок — нельзя принимать к вычету НДС по авансовому счету-фактуре, если документа фактически нет.

А с 1 января 2026 года действуют новые требования к оформлению авансовых счетов-фактур. Они закреплены в Федеральном законе от 28.11.2025 №425-ФЗ. 

Номер счета-фактуры — не документ. Обещание прислать по ЭДО — не основание для вычета. А разрыв по НДС потом становится проблемой покупателя, даже если технически ошибся поставщик.

Перед вычетом по авансам стоит проверить три вещи:

1. Счет-фактура реально получен.

2. Документ есть в ЭДО или на бумаге.

3. Вычет по авансу надо восстановить при покупке.

Разобраться в НДС глубже можно в подписке Клерк.Школа. В нее входят курсы, которые помогают закрыть именно такие рабочие ситуации на бухгалтерской практике.

В курсе «НДС: расчет, декларация, 1С» разбирают базовую механику НДС: расчет налога, счета-фактуры, декларацию и работу в 1С. Это база для тех, кто хочет понимать, откуда берутся разрывы, как проверять вычеты и где чаще всего возникают ошибки.

Курс «Учет НДС в 1С 8.3: от настроек до декларации» помогает настроить учет НДС в 1С: учетную политику, ставки, раздельный учет, корректировочные счета-фактуры, импорт и экспорт с ЕАЭС, а также формирование декларации с проверкой.

Отдельный курс «НДС на УСН-2026» нужен тем, кто работает с упрощенцами: в нем разбирают новые правила НДС для УСН, ставки, авансы, отгрузки, входящий НДС, счета-фактуры, книги покупок и продаж, декларацию и настройки в 1С.

По подписке Клерк.Школа вы можете пройти курс от начала до конца и получить сертификат. А если нужно быстро закрыть конкретный вопрос — изучите только нужный модуль, например, про авансы, счета-фактуры, книги покупок и продаж, декларацию или настройки НДС в 1С.