превышен лимит у самозанятого

Добрый день ! Нет, сумму, которая идет на превышение задним числом в УСН не включить. УСН считается кассовым методом, и доход учитывается только с той даты, когда поступают денежные средства на расчетный счет. Если появился разрыв в регистрации по дням, то платится 13% НДФЛ, так как формально между этими датами Вы на ОСНО. Например, Вы 30 сентября слетаете с самозанятого, а только 7 регистрируетесь как ИП на УСН. Поступления с 30 сентября  по 6 октября включаются в доход по ставке 13%. Сдается декларация в налоговую 3-НДФЛ. Все средства, которые поступают с 13 сентября по ИП идут в доход по УСН.

по закону применять УСН можно с даты снятия с учета НПД, главное вовремя подать заявление. ИП планирует написать заявление на применение УСН с 30.09

Прошу прощения, я не обратила внимание, что Вы были уже ИП на НПД, вышеописанная ситуация была рассмотрена для физического лица без статуса НПД. В таком случае, ИП признается перешедшим на УСН с даты снятия его с учета в качестве плательщика НПД. Для уведомления налогового органа о переходе на УСН после прекращения действия НПД, применяется форма 26.2-1, утвержденная Приказом ФНС РФ от 02.11.2012 N ММВ-7-3/829@ (Письмо ФНС РФ от 26.12.2018 N СД-4-3/25577@).

т.е. если подать заявление на УСН до 19 октября, то 30 сентября ИП будет одновременно и на НПД (отобьет чек на 2,4млн) и на УСН (отразит в Кудир 2,6млн), верно?

Да, верно.