Сотрудник перешел на ИП

Добрый день,

В организации все сотрудники работают удаленно, секретарь решила открыть собственное ИП и уволилась, теперь работает как ИП с регулярной выплатой, оказывает удаленно услуги согласно ОКВЭД. Может налоговая предъявить претензию, что это сокрытие трудовых отношений. Дело в том, что сотрудница так решила, чтоб получать большее вознаграждение, так как организации не нужно перечислять за нее взносы, т.е. организация тратит на сотрудницу ежемесячно такую же сумму как и тратила в статусе сотрудника, только часть на взносы шла, часть на зарплату, а теперь полная сумма идет на ИП. Как быть с самозанятыми в организации, если они более трех месяцев получают доход, но не выполняют функций как штатные сотрудники, но выплаты им бывают достаточно высокие. Стоит ли просить их открыть ИП на УСН вместо самозанятости или для ИФНС самозанятый и ИП одно и тоже