Заполнение КУДИР при УСН Доходы минус расходы (Аптека)

По фирме ООО на УСН д-р 9%, по требованию налоговой заполняю КУДИР. Базу ведем в СБИС. При автоматическом заполнении книги, не учитываются расходы связанные с покупкой товаров. Сбис ругается, что товар не продан, хотя остатки с прошлого года тоже не включает. Товарный ассортимент аптеки большой. Решила сделать КУДИР вручную. Вопрос: в книге указать расходы по накладным(УПД) или по банку и кассе оплаты?