зарплата за1 половину месяца

Добрый день ! Вы можете выбрать любой из этих способов, но сотрудник должен быть в любом случае предупрежден и как Вы правильно написали, возврат возможен на добровольной основе. То есть, в первом случае Вам нужно сообщить работнику о переплате и попросить работника написать заявление о том, что он просит зачесть лишнюю сумму.

Так же Вы можете уведомить работника о выявленной переплате, а затем составить приказ на удержание в срок не позднее месяца после обнаружения ошибки. В уведомлении поясните, что компания вправе удержать деньги из следующей зарплаты на основании ТК. Если сотрудник откажется возвращать деньги, сообщите ему, что подадите в суд и практика складывается как правило в пользу работодателя.

А НДФЛ расчитывать с ошибочно уплаченной суммы в том случае, если удержание денег будет из следующей зарплаты?

Если при выплате заработной платы за первую половину месяца (аванс) не был удержан НДФЛ, то доначислять НДФЛ на сумму излишней выплаты не надо.
Сумму неправомерно неудержанного НДФЛ необходимо доудержать из любых доходов, выплачиваемых сотруднику в денежной форме при их ближайшей выплате (п. 4 ст. 226 НК РФ).

В этом случае, штраф по ст. 123 НК РФ (20% от неудержанной своевременно суммы НДФЛ) не применяется, поскольку, на основании п. 2 ст. 123 НК РФ, налоговый агент освобождается от ответственности, если налоговым агентом исполнена обязанность по перечислению суммы налога до момента, когда ему стало известно об обнаружении налоговым органом факта несвоевременного перечисления суммы налога.