НДФЛ за работника перечисляет каждое подразделение, где он работал

Суммы НДФЛ, исчисленные и удержанные с доходов работников обособленного подразделения, должны быть перечислены в налоговые органы по месту учета соответствующего обособленного подразделения.

Об этом напоминает Минфин РФ в письме № 03-04-06/3-231 от 21.09.2011.

В случае, когда работник организации в течение месяца работает и в обособленном подразделении, и в головной организации, то НДФЛ с доходов такого работника должен перечисляться в соответствующие бюджеты и по месту нахождения обособленного подразделения, и по месту нахождения головной организации с учетом отработанного времени.

Вышеизложенный порядок применяется независимо от места жительства физических лиц и места заключения договоров с физическими лицами.