Разъяснения дает Минфин в письме № 03-04-05/23474 от 24.03.2022.
Уплата налога за налогоплательщика иным лицом прописана в статье 45 НК.
При этом такая уплата не будет доходом налогоплательщика (п. ст. 208 НК). Но это правило работает только при уплате физлицом за физлицо.
В данном случае будет уплата организацией за физлицо, а значит у сотрудника будет доход в натуральной форме, который облагается НДФЛ.
Поэтому уплатив за сотрудника «патентный» НДФЛ, у него надо удержать НДФЛ.