Повторная проверка ФНС: когда 34 миллиона превращаются в 477 миллионов. Разбор дела и выводы для бизнеса

В 2022 году межрайонная ИФНС провела выездную проверку ООО «Нефтегазстрой» (Республика Башкортостан) за 2021 год. Доначислено 34,7 млн рублей НДС с пенями и штрафами. Компания решение не обжаловала и полностью уплатила всю сумму.

В мае 2024 года УФНС по Республике Башкортостан назначило повторную проверку за тот же период. Основание — контроль за нижестоящей инспекцией и признаки нарушений при взаимодействии «Нефтегазстроя» с контрагентами. Итог: доначислено 477,8 млн рублей — в 13,7 раза больше первоначальной суммы.

«Нефтегазстрой» оспорил назначение повторной проверки. Аргументы компании: более 50% проверяющих при первой проверке были сотрудниками самого УФНС; координацию осуществлял контрольно-аналитический отдел Управления; запрашиваемые документы были идентичны. По существу, повторная проверка — контроль «за самим собой».

Суды первой, апелляционной и кассационной инстанций поддержали налогоплательщика: первичная проверка проводилась под «недопустимым мажоритарным участием и контролем Управления», а УФНС не доказало, что повторная проверка отвечала критериям необходимости и обоснованности.

Экономколлегия ВС отменила все акты и отказала «Нефтегазстрою». Позиция строится на трёх тезисах.

Первое. Участие должностных лиц вышестоящего органа в первичной проверке не препятствует проведению повторной. П. 10 ст. 89 НК РФ предусматривает право вышестоящего органа на повторную проверку и не ставит его в зависимость от персонального состава проверяющих.

Второе. Назначение проверки само по себе прав налогоплательщика не нарушает — это организационно-распорядительный акт, не создающий правовых последствий до вынесения решения по результатам проверки.

Третье. Если компания не согласна с доначислениями, защищать права нужно оспариванием итогового решения по проверке, а не решения о её назначении. Оспаривайте результат, а не процедуру.

П. 10 ст. 89 НК РФ допускает повторную выездную проверку в двух случаях: контроль вышестоящего органа за нижестоящим и подача уточнённой декларации с уменьшенной суммой налога. Закон не устанавливает конкретных критериев такого контроля, ограничений по составу проверяющих и предельных сроков назначения (кроме глубины проверяемого периода).

Как отмечают эксперты, повторная ВНП — исключительная мера при ненадлежащем проведении первичной проверки. Однако на практике большинство повторных проверок заканчиваются доначислениями, а не мерами в отношении сотрудников инспекции.

Определение формирует тревожный прецедент. Снижается стандарт обоснованности: если вышестоящий орган может назначить повторную проверку, даже когда он фактически контролировал первоначальную, грань между «контролем за инспекцией» и «вторым шансом» на доначисления размывается.

ВС ограничил превентивную защиту: налогоплательщик вынужден пройти всю процедуру повторной проверки и лишь потом оспаривать результат. Добровольная уплата по первой проверке не защищает: «Нефтегазстрой» заплатил 34,7 млн, но это не помешало Управлению прийти с претензиями на полмиллиарда.

Дело следует рассматривать в контексте ФЗ от 28.11.2025 № 425-ФЗ, вступившего в силу с 1 января 2026 года.

Расширение периода проверки. ВНП теперь охватывает не только три предшествующих года, но и завершившиеся периоды текущего года — по НДС, акцизам, налогу на игорный бизнес. Проверка, назначенная в ноябре 2026, может охватить 2023–2025 годы и I–III кварталы 2026 года.

Новые полномочия при допмероприятиях. Осмотр территорий, помещений и выемка документов теперь возможны не только в ходе проверки, но и при рассмотрении материалов — в том числе после камеральных проверок.

Экстерриториальность. Камеральную проверку может проводить любой налоговый орган, уполномоченный ФНС, включая инспекции из других субъектов РФ. Уведомление — в течение 5 рабочих дней.

Определение ВС от 18.02.2026 № 307-ЭС25-11805 по делу «Вокфорс» No А56-83561/2023 усиливает тренд. ВС указал: налогоплательщик, использовавший формальный документооборот с «техническими» компаниями, не вправе претендовать на реконструкцию расходов без раскрытия реальных исполнителей. Расчётный способ определения налога в таких случаях не применяется. В связке с делом «Нефтегазстрой» это формирует жёсткую профискальную позицию ВС и по процедурным, и по материальным вопросам.

1. Оспаривайте акт, а не назначение проверки. Ресурсы на обжалование решения о назначении лучше направить на защиту по существу доначислений.

2. Первая проверка — не гарантия спокойствия. Полное исполнение решения по первой проверке не исключает повторной. Уплата доначислений — не индульгенция.

3. Документируйте всё. Сохраняйте перечни документов, протоколы допросов, описи с первой проверки. Это позволит доказать дублирование мероприятий при повторной.

4. Готовьтесь к расширенному контролю. ФЗ-425 расширил инструментарий ФНС. Пересмотрите регламенты хранения документов и порядок взаимодействия с проверяющими.

5. Контролируйте контрагентов. Оба дела — «Нефтегазстрой» и «Вокфорс» — связаны с претензиями к цепочкам контрагентов. Реконструкция расходов без раскрытия реальных исполнителей заблокирована ВС.

6. Усильте досудебную работу. В условиях профискальной судебной практики аргументированные возражения на акт проверки и апелляционная жалоба в вышестоящий орган приобретают особое значение.

Мария Рудакова, налоговый консультант, юрист