В счете-фактуре можно указывать трехзначный номер платежки

Если в строке 5 "К расчетно-платежному документу" счета-фактуры указан трехзначный номер платежного поручения (три последние цифры), то это не является нарушением и не препятствует вычету НДС по такому документу.