Для подтверждения вычета по "авансовому" НДС потребуется договор

Чтобы налогоплательщик – покупатель, перечисливший аванс за товары, смог принять НДС к вычету, нужен не только счет-фактура, но и договор между продавцом и покупателем.

С 1 января 2009 года продавец обязан выставлять покупателям счета-фактуры не только при реализации товаров, но и при получении полной или частичной предоплаты в счет предстоящих поставок. Это связано с тем, что теперь покупатели вправе принимать к вычету суммы уплаченного НДС с авансов до фактической реализации. Для подтверждения права на вычет им нужны счета-фактуры, а также договор, предусматривающий перечисление авансов.
         
Договор подписывают стороны. В нем обозначается обязанность покупателя уплачивать аванс в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг).  

Отдел работы с налогоплательщиками 
Межрайонной ИФНС России № 5 по РС (Я)