3-НДФЛ продажа квартиры физ. лицом

Добрый день

Физическое лицо продал квартиру. В собственности была менее 3-х лет. В налоговой декларации 3-НДФЛ (приложение 6) указали сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов стр. 020, так как есть все документы на приобретение квартиры + % уплаченные банку по ипотеке. К декларации документы приложили. Эту же сумму отразили в Разделе 2 стр. 040. При проверке налоговая не берет сумму фактических расходов а при расчете НДФЛ учитывает только фиксированный вычет 1 млн. (без пояснения расчета). Просьба подсказать может мы не верно указали стр в разделе 2? И правомерен ли расчет налоговой?