заключение контракта 44 фз

Выиграли в закупке по капитальному ремонту, в контракте указана цена с ндс 20%, мы как поставщик на УСН, но платим 5% в связи с превышением выручки 60 млн рублей. В смете к контракту указано 20% НДС, при загрузке документов (подтверждение) КС 2, КС3, мы обязаны указать 20%, как же тогда сделать УПД заказчику на полную сумму и 5% НДС?