Налоговая переплата старше трех лет: правовой тупик и стратегии выхода (анализ дел 2025–2026)

У многих компаний на счетах в налоговой числятся суммы переплат, возникшие много лет назад. По общему правилу, если три года после уплаты прошли, вернуть деньги уже нельзя (п. 7 ст. 78 НК РФ). Раньше оставалась лазейка: зачесть такую переплату в счет будущих платежей по тому же налогу. Но с 1 января 2023 года заработал единый налоговый счет (ЕНС), и законодатель прямо исключил «старые» переплаты из сальдо ЕНС. В результате деньги оказались в подвешенном состоянии: ни вернуть, ни зачесть, ни даже просто учесть как актив.

В этой статье — на примере реального спора с участием ООО «Компания» (дело, рассмотренное АС Москвы в 2025 году) — разберем, почему возникла эта коллизия, как суды оценивают подобные ситуации и какие правовые позиции сформировали Верховный Суд и Конституционный Суд в 2025–2026 годах. Вы получите готовые алгоритмы действий для защиты прав налогоплательщика.

Автор: адвокат, юрист, кандидат юридических наук, адвокат года 2026 (RBG, Торгово-промышленная палата России), Мильский Андрей.

ЕНС — это единый кошелек, куда налогоплательщик перечисляет одну сумму, а инспекция сама распределяет деньги по налогам. Сальдо ЕНС (положительное или отрицательное) — это фактический остаток на счете.

При переходе на ЕНС законодатель ввел специальное правило (п. 3 ст. 4 Федерального закона от 14.07.2022 № 263-ФЗ): суммы переплат, которые на 31 декабря 2022 года числились за налогоплательщиком по периодам старше трех лет, не включаются в сальдо ЕНС. Они учитываются налоговой в ведомственном «Журнале учета переплат свыше 3-х лет».

Суть коллизии: налогоплательщик не может вернуть старую переплату из-за пропуска срока, не может зачесть ее в счет текущих налогов (для этого нужен положительный остаток на ЕНС), а налоговая «Журнал» не дает никаких прав — это внутренний учет для инспекции, не порождающий обязанности что-либо сделать.

• 2007–2008 гг. — у ООО «Компания» образовалась переплата по налогу на прибыль.

• 2015 г. — общество попыталось зачесть переплату. Налоговая отказалась из-за истечения трехлетнего срока. Арбитражный суд подтвердил отказ (дело № А40-…).

• 2016–2022 гг. — компания не могла использовать переплату ввиду убыточной деятельности, пандемии и иных объективных причин.

• 2023 г. — введен ЕНС. ООО «Компания» обратилось в налоговую с просьбой разъяснить судьбу «старого» актива.

• Ответ ИФНС: переплата старше трех лет на 31.12.2022 не попадает в сальдо ЕНС, учитывается в специальном журнале, оснований для возврата или зачета нет.

• Судебное обжалование: Арбитражный суд г. Москвы отказал в удовлетворении требований, сославшись на пропуск срока по ст. 78 НК РФ и прямое указание закона о невключении в ЕНС.

Суд встал на сторону налоговой, отметив, что иного порядка, кроме как через ЕНС, закон для распоряжения переплатой не предусматривает, а раз переплата не формирует сальдо — значит, она «заморожена» навсегда.

Дело: Постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 15.02.2026 по делу № А40-120000/2025.

Переплата по налогу на прибыль образовалась в 2009–2010 гг. (более 3 млн руб.). Налогоплательщик знал о переплате с 2010 года, но не обращался за возвратом, надеясь на зачет. В 2024 году подал заявление о зачете в счет НДС. Апелляция подтвердила: зачет возможен был только до 31.12.2022, а после этой даты — нет. ЕНС не включает старые переплаты, иного пути нет.

Дело: Постановление Арбитражного суда Московского округа от 05.06.2025 № Ф05-6050/2025.

Компания подала уточненную декларацию за пределами 3 лет. ИФНС отказала во включении сумм к уменьшению в сальдо ЕНС. Суд указал: восстанавливать срок абстрактно не нужно — достаточно оспорить отказ налоговой. Для этого надо:

1. Подать уточненную декларацию (даже если 3 года прошли).

2. Дождаться камеральной проверки и решения ИФНС об отказе.

3. Обжаловать именно этот отказ в суде, требуя обязать инспекцию учесть суммы в сальдо ЕНС.

Дело: Определение ВС РФ от 12.03.2025 № 305-ЭС24-17676.

ВС РФ разъяснил: по налогам с годовым налоговым периодом (налог на имущество, налог на прибыль) трехлетний срок на возврат авансовых платежей исчисляется не с даты уплаты каждого аванса, а с даты окончания налогового периода — 31 декабря соответствующего года.

Последствия для «старых» переплат: если аванс уплачен, например, в октябре 2019 года, 3 года истекают не в октябре 2022, а в декабре 2022 (после сдачи годовой декларации). А значит, срок не пропущен — он истекает уже в период действия ЕНС, где ограничений по давности для зачета нет.

Дело: Определение ВС РФ от 27.01.2025 № 309-ЭС24-18347.

ВС РФ подтвердил: денежные средства, перечисленные на ЕНС и не списанные в счет уплаты налогов, остаются собственностью налогоплательщика. Неправомерное уменьшение сальдо ЕНС со стороны налогового органа квалифицируется как излишнее взыскание, влекущее начисление процентов по ст. 79 НК РФ.

Практический вывод для споров о старых переплатах: если налоговая незаконно исключила из сальдо ЕНС суммы, которые должны были туда попасть (например, переплата по авансам за 2019 г., срок по которой по правилам ВС РФ не истек), налогоплательщик вправе требовать не только восстановления сальдо, но и процентов за пользование чужими средствами.

Документ: Письмо ФНС России от 20.08.2025 № Д-4-15/27.

Налоговая служба разъяснила своим нижестоящим органам: при наличии судебного акта, которым признано право налогоплательщика на уменьшение налога за пределами трех лет, суммы такого уменьшения подлежат отражению на ЕНС. Причем не важно, содержится ли в резолютивной части прямое указание на «восстановление срока» — достаточно, чтобы суд признал само право.

Это письмо — серьезный аргумент для налогоплательщиков, чьи дела уже рассмотрены судами в их пользу, но ИФНС отказывается учитывать переплату из-за формального подхода.

Три главных вывода:

1. Пропуск срока ст. 78 НК РФ не является абсолютным препятствием, если использовать современные правовые позиции — годовое исчисление срока (ВС РФ) и механизм оспаривания отказа во включении в сальдо ЕНС.

2. Самая опасная категория переплат — те, что возникли до 2017–2018 годов и не могут быть «пересчитаны» через годовую позицию. Для них основной путь — доказывание уважительных причин пропуска срока.

3. Государство не должно безвозмездно удерживать средства, которые по закону не являются налогом. Если ни один из механизмов не сработал, следует готовить обращение в КС РФ — хотя это сложная и длительная процедура, но именно такие дела формируют будущее правоприменение.