УФНС по Липецкой области поясняет, что продавая товары через Интернет-магазин, можно применять ЕНВД или УСН

Реализовывать товары через Интернет можно оптом и в розницу.
Если товары,  выставленные в Интернет-магазине, реализуются в розницу через торговую точку, которая согласно правоустанавливающим документам является объектом стационарной торговой сети, то такая деятельность может быть признана розничной торговлей и, соответственно, переведена на уплату ЕНВД. Например, это возможно в ситуации, когда покупатель, ознакомившись с образцами товаров, представленных на Интернет-сайте,  делает через него заказ. Затем он приходит в реально существующий магазин с площадью торгового зала до 150 кв.м и оплачивает свой заказ наличными деньгами. Продавец в свою очередь отгружает ему товар и оформляет кассовый и товарный чеки.

Торговля через Интернет регулируется Правилами продажи товаров дистанционным способом и Организация вправе применять УСН, если попадает под критерии, установленные НК РФ. Обязательным реквизитом первичных документов при УСН являются личные подписи лиц, ответственных за совершение хозяйственной операции. Поэтому они должны иметь бумажную форму и компания обязана изготавливать за свой счет копии таких документов на бумажных носителях для всех участников хозяйственных операций, а также по требованию органов суда и прокуратуры.

Исходя из всего вышесказанного, организации и индивидуальные предприниматели, реализуя товары через Интернет, могут применять наряду с общей системой налогообложения  ЕНВД и УСН.