Порядок начисления НДС зависит от того, как вы организовали поставку и через какие страны ввозите товары.

Возможны три варианта:

Ввозите из ЕАЭС. Если импортируете товары из Казахстана, Белоруссии, Армении или Киргизии, ранее импортированные туда из стран, не входящих в ЕАЭС, растаможивать товар и платить ввозной НДС в России уже не нужно. Ведь товар уже растаможен и налог уже уплачен в другой стране ЕАЭС (п. 13.2 приложения № 18 к Договору о ЕАЭС от 29.05.2014).
Ввозите не из ЕАЭС. Когда импортируете товары не из ЕАЭС, уплатите НДС на российской таможне одновременно с другими таможенными платежами (подп. 1 п. 1 ст. 135, п. 1 и 9 ст. 136, подп. 6 п. 1 ст. 189 ТК ЕАЭС). После того как оприходуете товары, сможете принять НДС к вычету (п. 2 ст. 171 и п. 1 ст. 172 НК).
Ввозите транзитом через ЕАЭС. Если самостоятельно ввозите товары транзитом через Казахстан, Белоруссию, Армению или Киргизию из страны, которая не входит в ЕАЭС, заплатите НДС вместе с таможенными платежами на российской таможне. Затем примите налог к вычету (подп. 4 п. 1 ст. 146, п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 174 НК, подп. 3 п. 1 ст. 46, ст. 61 и п. 1 ст. 142 ТК ЕАЭС).

Исключение — по поручению иностранного поставщика таможенный агент растаможил товар и уплатил НДС в одной из стран союза.

Тогда вам растаможивать товар и платить ввозной НДС не надо. Такие правила действуют, чтобы избежать двойного налогообложения (подп. 1 п. 1 ст. 449 ТК ЕАЭС и п. 13.5 приложения № 18 к Договору о ЕАЭС).

Как платить налоги на параллельном импорте. Мини-курс